我校自1979年開始招收培養研究生,1981年被國務院學位委員會批準為全國首批碩士學位授權單位,1998年被國務院學位委員會批準為博士學位授權單位,并獲得普通外科學三級學科博士學位授權,2000年獲外科學二級學科博士學位授權,2000年開始臨床醫學碩士專業學位工作,2004年開始口腔醫學碩士專業學位工作,2009年開始公共衛生碩士專業學位工作,2010年獲臨床醫學一級學科博士學位授權,2014年獲應用心理學、藥學和護理學專業學位點授權,2018年獲基礎醫學和藥學一級學科博士學位授權、臨床醫學博士專業學位授權、醫學技術一級學科碩士學位授權,2021年獲公共衛生和口腔醫學一級學科博士學位授權、口腔醫學博士專業學位授權。目前,我校有5個一級學科博士學位授權點(基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學),8個一級學科碩士學位授權點(生物學、基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、護理學、醫學技術),2個博士專業學位授權點(臨床醫學、口腔醫學),6個碩士專業學位授權點(應用心理、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生、護理、藥學),涵蓋理學、醫學、管理學等學科門類。我校同時還還開展同等學力申請碩士學位工作。目前學校擁有省級研究生教育創新聯合培養基地3個,省級專業學位研究生聯合培養基地2個,二級研究生培養單位30個,有碩士研究生導師1141名,博士研究生導師276名,在校研究生4000余人。培養的萬余名高級醫學人才扎根邊疆,服務基層,為云南醫藥衛生事業和經濟社會發展做出了卓越貢獻。
學校不斷深化學術學位和專業學位研究生培養模式改革。科教融合,大力提升學術學位知識創新能力;醫教融合著力培養專業學位研究生創實踐創新能力。逐步推進臨床醫學博士專業學位研究生培養與專科醫師培訓銜接。全面實現臨床(口腔)醫學碩士專業學位研究生培養與住院醫師規范化培訓接軌。以培養目標和學位學位授予要求作為學校課程建設規劃的根本依據,增加跨學科類、方法類、研討類、實踐類課程。以一級學科學位授權點為單元開發公共課程,以研究方向及領域開發專業課程。加強信息技術手段在課程建設中的運用,構建線上線下共建的運行模式。與上海交通大學醫學院、中國醫學科學院阜外醫院等高水平院校建立了聯合培養機制。舉辦系列實踐和科研技能大賽,榮獲首屆全國影像醫學專業研究生臨床能力展示賽一等獎、多次在全國醫科院校研究生院聯盟研究生論壇、西部地區藥學研究生創新學術論壇上獲得佳績。