學校自1979年開始招收培養研究生,1981年被國務院學位委員會批準為全國首批碩士學位授權單位,1998年被國務院學位委員會批準為博士學位授權單位,2000年開始臨床醫學碩士專業學位工作,2004年開始口腔醫學碩士專業學位工作,2006年獲教育部批準具有推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀碩士學位研究生工作資格,2009年被國務院學位委員會批準為公共衛生碩士(MPH)培養單位,2011年獲臨床醫學一級學科博士學位授權,2014年獲應用心理、藥學和護理碩士專業學位授權,2018年獲基礎醫學和藥學一級學科博士學位授權、臨床醫學博士專業學位授權、醫學技術一級學科碩士學位授權。2021年獲口腔醫學、公共衛生與預防醫學一級學科博士學位授權、口腔醫學博士專業學位授權和生物學一級學科碩士學位授權。目前,我校有5個一級學科博士學位授權點,8個一級學科碩士學位授權點,2個博士專業學位授權點,6個碩士專業學位授權點。現有研究生二級培養單位30個,碩士研究生導師1500余名,博士研究生導師270余名。
學校研究生招生已在全日制博士研究生、碩士研究生、港澳臺及留學研究生形成較完整體系。研究生招生規模達1900人左右,生源遍布全國32個省、自治區、直轄市及香港、澳門特別行政區。留學研究生來自20余個國家,已成為南亞東南亞國家學生來華學習醫學的主要目標院校。